تمتلك شركة مصافي الوسط وحدات تحلية المياه في جميع المصافي التابعة لها وهي مكتفية ذاتياً من الماء الصالح لمختلف الاستخدامات سواء في الوحدات الإنتاجية او مياه الخدمات .
يتم في هذه الوحدة مرور الماء الخام بعدة مراحل تصفية لتخليصه من الأطيان والمواد العالقة بواسطة المرسبات ( كالشب او PAC ) وإضافة غاز الكلور للتعقيم بعدها يدخل مرحلة الترسيب بواسطة الأحواض المستطيلة ومنها الى خزانات الماء ليتم توزيعها الى كافة أجزاء مصفى السماوة .
أما مرحلة تحلية الماء فيتم ترشيح جزء من المياه بواسطة الفلاتر الطبقية ومن ثم فلاتر الفحم الفعال وتدخل وحدة التحلية ( RO ) ليتم إزالة نسبة كبيرة من الأملاح ويتم ضخ الماء المنتج الى معامل الماء المقطر التي تقوم بتغذية المراجل البخارية .