يتم في هذه الشعبة سحب الماء من نهر دجلة بواسطة مضخات سحب ماء النهر ويتم معالجته باستخدام غاز الكلور لغرض التعقيم وكذلك يتم إضافة المرسب الأولي (الشب او PAC) الذي يعمل على ترسيب الأطيان والمواد العالقة في الماء بعدها يدخل الماء الى أحواض الترسيب الدائرية ومن ثم الى أحواض التركيد المستطيلة والتي يتم من خلالها توزيع الماء الى كافة أجزاء المصفى للاستخدامات المختلفة .
ترشيح جزء من هذا الماء بواسطة الفلاتر الطبقية ومن ثم فلاتر الفحم الفعال ومنها الى خزانات الماء المغذي لوحدة R.O.
توجد وحدتين من وحدات الR.O طاقة كل منهما 510 m3/hr يديرها كادر كفوء ومتميز من اختصاصات فنية وهندسية واختصاصات أخرى حيث يتم في هذه الوحدات إزالة نسبة كبيرة من الأملاح الموجودة في الماء ويتم ضخ الماء المنتج من هذه الوحدات الى معامل الماء المقطر التي تقوم بتغذية المراجل البخارية .